Marek Nowakowski debiutował w 1957, ogłoszonym na łamach „Nowej Kultury” opowiadaniem “Kwadratowy”. Rok później ukazał się jego pierwszy zbiór opowiadań „Ten stary złodziej”. W 1968 roku wyszły świetne, psychoanalityczne „Robaki”, a najważniejsze książki pisarza ukazały się w drugiej połowie lat 70. Do kanonu współczesnej polskiej prozy weszły bowiem utwory: “Wesele raz jeszcze!” (1974) i “Książę Nocy” (1978). Ale za chwilę rzeczywistość podsunie pisarzowi zupełnie inne zadanie – pojawią się proste, reportażowe relacje, utwory jawnie tendencyjne, a nawet agitacyjne: dwa tomy “Raportu o stanie wojennym” (1982, 1983) czy “Notatki z codzienności” (1984).

We wczesnej twórczości, która pozostawała pod wpływem Marka Hłaski, Nowakowski opiewał postaci z marginesu, warszawskich wykolejeńców. W latach 80. poświęcił się opisywaniu rzeczywistości stanu wojennego. Ukazały się wówczas „Raport o stanie wojennym” i „Notatki z codzienności”. Jako pierwszy publikował w drugim obiegu pod własnym nazwiskiem. Ale wielkim tematem jego twórczości było polskie społeczeństwo. Portretował je w sposób krytyczny od pierwszej do ostatniej książki.

Był prozaikiem niezwykle płodnym, duszą towarzystwa, kronikarzem odchodzącej Warszawy („Powidoki”). Z czytelnikami pożegnał się zachwycającym „Piórem. Autobiografią literacką” i opublikowanym w tym roku „Dziennikiem podróży w przeszłość”.