Powieść jest obejmującą kilka lat historią dorastania głównego bohatera, Aharona, którego poznajemy jako chłopca przygotowującego się do bar-micwy. Aharon ma jednak poważny, zwłaszcza dla nastolatka, problem: przestał rosnąć i, mimo upływających lat, wciąż wygląda na dziesięciolatka. Odmawiające dorastania ciało zaczyna wreszcie rzutować na umysł chłopca, który za wszelką cenę stara się pozostać beztroskim dzieckiem, zawsze gotowym do nowych zabaw i psot. Stopniowo zostaje w tyle za rówieśnikami, którzy nad tropienie szpiegów przedkładają teraz nowo odkrytą fascynację dziewczynami. Aharon zostaje sam, uwięziony w ciele dziecka i buntujący się wobec budzącej się w nim niezrozumiałej seksualności.

Gramatyka intymna to zestaw znaków, który tworzy wokół Aharona zamknięty, bezpieczny kokon. Wobec niezrozumiałej i okrutnej gramatyki dorosłych jest językiem wewnętrznego spokoju, zestawem jasnych zasad, za pomocą których można wyjaśnić świat, objąć rozumem jego chaos. Jednocześnie, ten hermetyczny język stopniowo oddala Aharona od rzeczywistości, staje się intymnym więzieniem, który tyle ułatwia, co utrudnia życie, uniemożliwiając komunikację z innymi, nierozumiejącymi symboliki jego znaków. Aharon stopniowo zanurza się w swój misternie skonstruowany wewnętrzny świat, coraz usilniej odrzucając wszystko to, z czym łączy się dorastanie.

„Księga gramatyki intymnej” jest świadectwem niewiary w istnienie obiektywnej, poznawalnej rzeczywistości. Grosman pokazuje, że obraz świata jest zawsze zniekształcony, przeobrażony przez psychikę patrzącego, a jedno zdarzenie, jeden przedmiot każdy człowiek zinterpretuje inaczej. „Księga…” to zapis zmagań z opisaniem świata, zmagań z góry skazanych na porażkę: rzeczywistość, zamiast stabilną podporą, okazuje się plastyczną materią, którą Aharon próbuje kształtować za pomocą swojej gramatyki. To, co intymne i niewypowiedziane zrasta się niepostrzeżenie z zewnętrznym światem w jedną, na poły tylko realną całość, tajemniczą i przesiąkniętą dziecięcym mistycyzmem.

Grosman równie wnikliwie opisuje pozostałych bohaterów, pokazując, że swoją własną gramatykę mają tu właściwie wszyscy. Podobnie jak Virginia Woolf, do której powieści jest porównywana narracyjna metoda izraelskiego pisarza, wślizguje się kolejno w umysły swoich bohaterów, odkrywając ich pełne napięć i niezrozumiałych popędów wnętrze. Groteskowy i ironiczny obraz rodziny, sąsiadów i przyjaciół bohatera przeplata się z dramatem jego dorastania, tworząc poruszający portret, w którym nic nie jest oczywiste, wszyscy zaś okazują się w jakimś stopniu obłąkani.